微软高管表示，两人的分歧涉及各个方面──从人事任免到当时正处于开发阶段的Xbox游戏机，甚至是微软核心产品视窗(Windows)软件的未来。
盖茨和鲍尔默说，有些重大决定因为两人的互不相让而陷入僵局。比如，两位副总裁在NetDocs──通过互联网提供文字处理等软件的一个大有前途的项目──未来发展的问题上产生了分歧。焦点在于：NetDocs有可能威胁微软的摇钱树Office办公软件，因此某些高管希望NetDocs项目胎死腹中。
盖茨和鲍尔默难以达成一致。NetDocs项目先是猛增至400名员工，又在2001年初并入Office团队，之后这个项目便寿终正寝了。
知情者说，其他微软高管企图介入两人的矛盾，并向盖茨和鲍尔默发出了明确信号：你们的争斗威胁到了公司的利益。
微软董事会和两人展开了会谈，还委派了一位董事、也是微软的早期投资人戴夫•马夸特(DaveMarquardt)和两人定期吃晚饭，帮助他们化解矛盾。
在公司董事会任职的微软前总裁乔恩•雪利(JonShirley)说，“董事会真的很担心公司的未来。”
鲍尔默的压力在2001年1月的一天早上表现得十分明显，当时他正在巴黎作微软的年度业务评估。凌晨三点在他的酒店房间，开完一整天的会议后，鲍尔默向微软的老资格高管雷克斯一针见血地问道，“微软CEO的工作到底是什么？”
在董事会和各自妻子的推动下，盖茨和鲍尔默在2001年2月同意在微软总部附近的贝勒弗俱乐部酒店(BellevueClubHotel)里的Polaris餐厅共进晚餐，以化解他们的矛盾。两人都拒绝公开会议细节，只说他们需要分清各自的角色：盖茨是“初级合伙人”，而鲍尔默是“高级合伙人'”。
盖茨最后得出结论，他自己才是最需要改变的人。盖茨说，“史蒂夫一直把心思放在团队和为实现共同目标而努力上。因此我必须反思自己的所作所为中有哪些是在给他帮倒忙？我为什么非要在开会的时候说风凉话？”他说，“或者扪心自问‘这真的是没救了吗？’”。
鲍尔默说，作为高级管理者，他必须学会什么时候坚持己见，什么时候“顺其自然”。他说，“我们弄明白了这些问题。”
很快，盖茨开始在会议上保留他的不同意见。微软副总裁米奇•马修斯(MichMatthews)回忆说，在一次鲍尔默手下高管召开的会议上，盖茨在重要决策问题上尊重了鲍尔默的意见，这让微软高管们不禁惊讶地互相暗使眼色。
鲍尔默一步步地在微软打上了自己的印记。他改组了公司，将更多决策权交给微软管理层，还提拔了那些拥有综合管理经验的人，让他们坐上过去只有技术型高管才能得到的位子。微软高管表示，鲍尔默还通过采取比盖茨更温和的立场，成功了结了针对微软的多起诉讼案件。
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